D'Cristianiséierung vum Yaquis war wat et de Relioun erlaabt huet sech 1609 ze verbreeden, an den Territoire vu Sonora ze penetréieren.
Wärend der Kolonie huet Sonora nëmme mat den Häng vun der Sierra Madre Occidental korrespondéiert an de Grenze vun där Entitéit. D'Regioun déi nërdlech vum Yaqui Floss gelaf ass, och de Real de la Cieneguilla, gouf Pimería Baja genannt an déi nërdlechst Regioun vun deem Real bis de Colorado River - schonn am aktuellen nordamerikanesche Staat Arizona - gouf Pimería Alta genannt.
Den aktuellen Sonoran Territoire enthält och eng kleng Regioun am Südwesten vun deemools als Pimería bekannt, am Staat Chihuahua an Ostimuri, eng Plaz op de Küste vum Golf vu Kalifornien, tëscht de Mayo a Yaqui Flëss.
Am Joer 1614 hunn d'Missionäre Pérez de Rivas a Pedro Méndez d'Mayaner an der Ostimuri Regioun Christianiséiert, an d'Missioun an dräi Distrikter opgedeelt: Santa Cruz (um Mond vum Mayo), Navojoa an Tesia.
D'Tepahues goufen zesumme mam Cornicaris am Joer 1620 agefouert. De Pater Miguel Godínez huet d'Missioune vu San Andrés de Cornicari an Asunción de Tepahui gegrënnt. . Datselwecht Joer gouf d'Rektorat vu San Ignacio gegrënnt, déi nieft de fënnef virdru genannte Missiounen och déi vu Bacúm, Torín a Rahún abegraff hunn, um Mond vum Yaqui.
Am Joer 1617 gouf de Yaquis vun den Elteren Pérez de Rivas an Tomás Basilio ëmgewandelt. Trotz leiden Opstänn, Onrouen, Qualen a Morden, war d'Konversioun vu Sonora méi séier a méi sécher. Vum 17. Joerhonnert hunn d'Jesuiten d'Missioun vu Maycoba a Yecora am südwestlechen Deel ausgebaut a gegrënnt wat se als Chínipas wossten.
D'Missioune vum Yaqui Floss an den Norden goufen a véier Rektorien opgedeelt: San Borja huet d'Missioune vun: Cucumaripa an Tecoripa gruppéiert. , 1619 gegrënnt; Movas an Onovas, am Joer 1622; Sahuaripa am Joer 1627; Matape am Joer 1629; Onapa am Joer 1677 an Arivechi , am Joer 1727. D'Rektorat vun den Dräi Hellege Märtyrer vu Japan, dat de Batuco abegraff huet, deen am Joer 1627 gegrënnt gouf, den Oposura am Joer 1640 a Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca a San Miguel Bavispe , gegrënnt am Joer 1645. An d'Rektorat vu San Javier déi d'Missioune vun Ures am Joer 1636 integréiert hunn; Aconchi, Opodepe a Banámichi am Joer 1639; Cucurpe an Arizpe 1648, a Cuaquiárachi 1655.
Am Joer 1687 koum de Missionär Eusebio Francisco Kino an d'Pimería Alta an huet d'Missioune vun der Rektorat vun Nuestra Señora de los Dolores ugefaang, Grënnung: Caborca, un déi de Francisco Javier Saeta zougewisen gouf, dee Korrespondenz mat senger spiritueller Ënnerstëtzung ënnerhält, Papp Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows from Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera an Imuris.
No der Ausweisung vun de Jesuiten, goufen d'Missioune bei de Franziskaner iwwerlooss, déi net méi gebaut hunn a sech nëmme beschränkt hunn ze probéieren déi bestehend ze erhalen. Wéi d'Jesuiten schonn Siedlungen zu Sinaloa a Sonora etabléiert haten, hunn se d'Ae op de kaliforneschen Territoire gedréit.
